Τα νομικά πρόσωπα μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα υπόκεινται σε φόρο εισοδήματος με εξαίρεση μόνο τα κάθε είδους έσοδα που πραγματοποιούνται κατά την επιδίωξη της εκπλήρωσης του σκοπού τους, τα οποία δεν αποτελούν αντικείμενο φόρου.
Περιπτώσεις τέτοιων εσόδων που δεν αποτελούν αντικείμενο επιβολής του φόρου εισοδήματος είναι:
- οι εισφορές (συνδρομές) και τα δικαιώματα εγγραφής των μελών τους,
- τα έσοδα από εράνους
- χορηγίες ιδιωτών ή επιχειρήσεων
- Δωρεές τρίτων
- έσοδα από διαφημίσεις που καταχωρούνται σε περιοδικά που εκδίδονται και διανέμονται αποκλειστικά στα μέλη τους δωρεάν
- έσοδα από διάθεση φυλλαδίων πνευματικού περιεχομένου των ιερών Μονών
- έσοδα από δίδακτρα που αποκτούν τα νομικά πρόσωπα μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα με κύριο σκοπό την παροχή εκπαίδευσης (ΠΟΛ. 1123/2015) επειδή επιδιώκουν την εκπλήρωση του εκπαιδευτικού τους σκοπού.
Περιπτώσεις εσόδων που αποτελούν αντικείμενο επιβολής του φόρου εισοδήματος είναι:
- Το εισόδημα που αποκτούν από δραστηριότητα που δεν αναφέρεται στο καταστατικό
- Το εισόδημα που προέρχεται από κεφάλαιο, όπως μερίσματα, τόκοι, εισόδημα από ακίνητα και υπεραξία μεταβίβασης κεφαλαίου
- Συνδρομές από τρίτους μη μέλη,
- Έσοδα από έκδοση βιβλίων περιοδικών σε τρίτους μη μέλη,
- Τα έσοδα που προέρχονται από διαφημίσεις και καταχωρούνται σε περιοδικά ή έντυπα τα οποία διανέμονται σε τρίτους,
- Τα έσοδα από διαφημίσεις σε φανέλες αθλητικών σωματείων,
- Τα έσοδα από πώληση εικόνων, καθώς και
- Τα έσοδα που προέρχονται από ξενώνες.
Ειδικά το εισόδημα ακινήτων που προέρχεται από Νομικά Πρόσωπα μη Κερδοσκοπικού Χαρακτήρα, εκπίπτουν οι κάθε είδους δαπάνες που αφορούν το ακίνητο, δηλαδή επισκευή, συντήρηση καθώς και οι πάγιες λειτουργικές δαπάνες του ακινήτου σε ποσοστό 75%, ενώ για το Άγιο Όρος σε ποσοστό 100%.
Κατά τον προσδιορισμό του εισοδήματος των μη κερδοσκοπικών οργανισμών, όσον αφορά τις δαπάνες τις οποίες πραγματοποιούν, γίνεται διάκριση, ανάλογα με το αν αυτές αφορούν την επιχειρηματική τους δραστηριότητα ή την επιδίωξη της εκπλήρωσης του σκοπού τους. Για τις δαπάνες εκείνες που αφορούν την επιχειρηματική δραστηριότητα εκπίπτουν όπως ορίζονται στα άρθρα 22 και 23 του Ν 4172/2013 όπως αναφέρθηκε παραπάνω.
Αντίθετα δεν εκπίπτουν εκείνες οι δαπάνες που αφορούν σε έσοδα, που πραγματοποιούνται κατά την επιδίωξη της εκπλήρωσης του σκοπού τους, τα οποία έσοδα δεν αποτελούν αντικείμενο φόρου. Έτσι, σε περίπτωση που υπάρχουν δαπάνες που είναι κοινές, δηλαδή αφορούν σε έσοδα που υπάγονται σε φόρο και σε έσοδα που δεν υπάγονται σε φόρο, τότε επιμερίζονται κατά την αναλογία των αντίστοιχων εσόδων.
Επίσης οι δαπάνες που πραγματοποιούνται κατά την επιδίωξη της εκπλήρωσης του σκοπού του Νομικού Προσώπου μη Κερδοσκοπικού Χαρακτήρα, δεν εκπίπτουν σε καμία περίπτωση από το σύνολο των εσόδων του από επιχειρηματική δραστηριότητα.